La massoneria era infatti molto fiorente nel settecento e diffusa praticamente in tutti i paesi europei. Approdò in Austria nel 1742 e fu occasione di incontro tra uomini che si opponevano alle tendenze politiche di quel periodo. Uomini di diversi strati sociali (le donne non erano ammesse) compresa l'élite intellettuale della città.

L'influenza massonica nella vita pubblica e politica del paese era così alta però che l'anno successivo all'adesione di Mozart, l'Imperatore ordinò la chiusura di tutte le logge massoniche tranne tre.

In questo periodo Mozart versava in grave crisi economica (una caratteristica costante della sua breve vita), in quanto l'Imperatore Giuseppe II, suo grande sostenitore, era morto, e il suo successore Leopoldo II licenziò il poeta e librettista Lorenzo da Ponte, principale collegamento tra Mozart e il teatro di corte, e tenne Antonio Salieri al posto di Maestro di Cappella (ricordate il film "Amadeus"'). Mozart aveva quindi scarsissime probabilità di comporre altre opere per il teatro di corte dopo "Le nozze di Figaro" e "Così fan tutte" composte in collaborazione di Lorenzo da Ponte sotto Giuseppe II, e deve essere arrivata come manna dal cielo la proposta dell'impresario-attore Schikaneder di collaborare per la realizzazione di un'opera che riabilitasse la massoneria e il suo ruolo nella vita del paese. Nacque così il "Flauto magico".

Che sia un'opera massonica a pieno titolo non ci sono dubbi, perchè piena di simbolismi tipici della massoneria . A cominciare dal "numero tre" caro ai massoni: l'ouverture si apre con tre accordi, appaiono tre donne e tre uomini. I simboli continuano con i temi della fratellanza, della tolleranza e del silenzio, e con le prove rituali di Tamino che lo portano dalle tenebre dell'ignoranza alla luce del sapere e dell'amore universale.

La prima esecuzione del Flauto magico ebbe luogo nel Theater auf Wieden a Vienna il 30 settembre 1791, direta da Mozart stesso, due mesi dopo aver ricevuto la commissione per una Messa da Requiem da un sinistro messaggero (suggestivamente interpretato nel film) per un non identificato mecenate.

Il Flauto magico non è l'unica opera massonica di Mozart. Scrisse infatti almeno altre due composizioni dedicate alla massoneria: "La musica funebre massonica in Do minore K477" del 1785 e l'"Adagio e fuga in Do minore K546" del 1788.

Una curiosità: la presenza della K e della numerazione è dovuta alla classificazione fatta da Ludwig von Kochel delle opere mozartiane nel suo catalogo pubblicato nel 1862.